а если по одному char писать это будет соответствовать требованию относительно быстр? В смысле:
проверили аргументы, открыли файлы, проверили, что открылись, потом
odd = true;
вечно циклим:
если odd, читаем и пишем в третий, а если конец строки то еще и odd = false;
если не odd, читаем и пишем во второй, а если конец строки то еще и odd = true;
при чтении и письме проверяем все ли ОК, если нет, break
закрыли файлы
profit