научные новости

[avva]

Не все так просто с геномом, сообщает нам BBC, не все так просто.

А кто обещал, что будет просто?

Comments

[monomyth.livejournal.com]

ну, ведь удивительно было бы если бы это было не так. Подожди, еще до glial cell доберуться. Хотя эта идеа о том, что мозг "работает" на звуке, а не электричестве мне уже нравиться.

[tacente.livejournal.com]

А вот это вы не видели?
http://www.vokruginfo.ru/news/news4587.html

I have it on good authority, что, несмотря на некоторую желтизну изложения, это правда.

Гугль нам отец

[trurle.livejournal.com]

anti-ageing drugs

И мать тоже:

[trurle.livejournal.com]

anti-aging

[(Anonymous)]

скулачев серьезный мужик, и шарлатанством обычно не занимается (в отличие от многих российских "исследователей стволовых клеток" итд).
однако сдается мне, что он нашел хороший способ убедить олигарха профинансировать свои весьма фундаментальные и очень пока далекие от практического применения исследования )

[a11.livejournal.com]

комментарий выше был от меня )

[tacente.livejournal.com]

Ну это-то понятно. Но тем не менее мыши, говорят, живут вдвое дольше.

[(Anonymous)]

в два раза - вряд ли. не верю, как говорил станиславский.
ну то есть если кинете ссылку на статью, с удовольствием посмотрю, что они там и как получили.

но в любом случае, мыши-то генетически модифицированные.
а генная терапия у людей пока что себя показала не с лучшей стороны.
в том смысле, что пока что непонятно, как гены в человека засовывать, чтобы они там работали, а их векторы (т.е. то, чем их засовывают) при этом его не убили.

и кстати, даже если мыши и живут в 2 раза дольше, то не факт, что хорошо себя при этом чуйствуют )

[russian-o.livejournal.com]

Ага, и про апоптоз он уже все выяснил. И уже бежит за нобелевкой, теряя тапочки.

[avva.livejournal.com]

Ух, это сильно.

[a11.livejournal.com]

как-то они (BBC) довольно-таки запутанно все это представили.

есть генетика (наука о том, где какой генетический код находится) и есть эпигенетика (наука о том, как он используется).

обычно делается как - сначала генетически картируется какой-нибудь интересный участок, а потом изучается, как и в каких типах клеток он регулируется.

регуляцию можно изучать, например, анализируя белки, связанные с участком ДНК. в клетках, где данный ген активен, с его регуляторным участком будет связан один набор белков (или одна их форма), в клетках, где он неактивен - другой.

однако теперь у биологов есть в распоряжении два очень важных инструмента:

1) полностью отсеквенированный и хорошо отаннотированный геном (т.е. в большом числе случаев, мы знаем, где какой ген находится и где вероятнее всего найти его регуляторный участок)
2) технологии, позволяющие получить информацию об участках связывания ДНК с белком интереса (или какой-либо его формой) для всего генома сразу или, по крайней мере, для значительного его участка (скажем, 1%). раньше это можно было делать только hypothesis-driven way (т.е., я спрашиваю - связан ли такой-то белок с этим участком? а с этим? а с этим? итд).

эти инструменты сделали возможным применить "обратный подход" к картированию регуляторных участков генома - и об этом как раз статья в Nature, о которой идет речь.

они картировали связывание с ДНК множества разных белков и их форм и посмотрели, как их сайты связывания коррелируют с уже известными регуляторными участками (а на самом деле, многие из этих корреляций уже были заранее известны). на основании этих данных они вывели паттерны комбинаций белков, связывающихся с определенными регуляторными участками ДНК. после чего они использовали эти же паттерны для картирования ранее неизвестных регуляторных участков, обладающих теми же свойствами.

важной особенностью этого проекта было то, что для того, чтобы ничего не проглядеть, они анализировали "среднее арифметическое" разных типов клеток. в каждом конкретном типе клеток может использоваться только часть картированных регуляторных элементов. какая и как именно - предстоит еще долго изучать.

кстати, когда этот проект уже близился к завершению, появилась новая технология массивно-параллельного сиквенса ДНК, позволяющая делать подобные анализы на 100% генома вместо 1% примерно с такими же финансовыми затратами и с гораздо меньшим количеством вложенных сил. так что новые интересные данные не заставят себя ждать.

кстати, ewan birney - феноменальный товарищ. очень удачное и редкое сочетание ума, фантастической работоспособности, менеджерских способностей и способности правильно подать себя и свои исследования.
его сотрудники уже делают ставки на то, когда он получит нобелевскую премию :)

[avva.livejournal.com]

Спасибо, очень интересно. Правда, не очень понятно :)

1) то, что называют "junk DNA" и что типа занимает 97% генома - входит в "полностью отсеквенированный геном" или нет?
2) я правильно понимаю, что они нашли новые регуляторные участки в том, что раньше считалось "junk DNA", да? Это значит скорее, что границы "junk DNA" до сих пор ставили неточно и их надо уточнить (и, скажем, заметной роли не играет не 97%, а там 96% генома), или ставит под вопрос вообще все понятие "junk DNA", как более-или-менее утверждает заметка на сайте BBC?

[shvarz.livejournal.com]

Геном отсеквенирован полностью - все 100%. "junk DNA" вообще термин устаревший и устаревший уже довольно давно.

[averros.livejournal.com]

ммм... 100% покрытия - не 100% confidence. Shotgun sequencing довольно плохо разбирается с длинными повторяющимися кусками, вроде Alu repeats.

[shvarz.livejournal.com]

Для изначального вопроса (отсеквенирован ли весь геном или только "не-junk") это не принципиально. Отсеквенирован весь геном, включая длинные повторяющиеся куски. Аккуратность >99.99%.

[averros.livejournal.com]

Извините, что я несколько нервно реагирую на заявление про 100% :) Ничего не бывает на все 100... включая базу данных HGP - в ней около 300 дырок (gaps), и секвенсировано не 100%, а чуть больше 99% - и не всего генома, а эухроматина (как это по русски-то? :) Но в целом, конечно, результат впечатляет - хотя HGP не достиг заявленной цели по частоте ошибок (1e-5) - получилось хуже (1e-4); т.е. окончательная версия содержит около 150 тысяч ошибок. И около 10% генома не прочитано вообще (считается, что гетерохроматин играет только структурную роль... про junk DNA тоже считали, что ничего полезного она не содержит).

Забавнее другое - удивительный разброс в оценках количества генов:)

[ad3002.livejournal.com]

Ага, только дыра по 3 Mb на каждой хромосоме на Golden Path Gap =) (http://www.ensembl.org/Homo_sapiens/contigview?seq_region_right=247249719&seq_region_name=1&click_right=490&click_left=40&seq_region_left=1&seq_region_width=100000&vclick.x=276&vclick.y=279)

Ну и огромное количество gap'ов меньшего размера (десятки-сотни килобаз) на плечах хромосом.

Тут же ещё какое дело, есть типы последовательностей ДНК, которые не поддерживаются в бактериях. И никто не знает сколько их... а если их процентов 10% генома?

[shvarz.livejournal.com]

Не знал про такое. А откуда такое классное название? С Дюной никак не связано?

[ad3002.livejournal.com]

Мне очень нравится это название.

Golden Path - это:
1) niсknamе для GigAssembler'а - программы, которой складывали отдельные сиквенсы в большие контиги, а потом в хромосомы. Вокруг неё ходят легенды:
http://biochem118.stanford.edu/Papers/Genome%20Papers/grad%20student%20hero.pdf
2) ну а потом так стали называть и компьютерно-собранный в хромосомы геном

Автор программы Jim Kent http://www.soe.ucsc.edu/~kent/. Написал ему письмо, посмотрим, что ответит =)

Между прочим, Герберт Golden Path взял из буддизма, одна из идей которого - золотой, он же срединный, путь.

[a11.livejournal.com]

"junk" DNA отсеквенирована процентов на 99 и чем дальше, тем больше становится понятно, что никакая она не junk.

если рассматривать ситуацию в эволюционной перспективе, то, видимо, часть ДНК не была "junk" никогда, а часть клетка приспособилась пост-фактум использовать в своих целях.

эта статья, действительно, обнаружила регуляторные участки и в junk DNA, но это вовсе не новаторское наблюдение, а, скорее, подтверждение уже более или менее известного факта. более того, тот 1% генома, который был выбран для анализа, не содержал (по техническим соображениям) повторяющиеся последовательности, из которых большинство "junk" DNA состоит, так что в этом отношении другие работы более информативны.

[ad3002.livejournal.com]

Много бы я дал за отсеквенированую на 99% Chromosome Unknown, или хотя бы на 60%, но без гапов. Ну или хотя бы за 20% Golden Path Gap любой хромосомы человека или мыши. Но сдается мне это сделают не скоро...

[starshoj.livejournal.com]

Теперь понятно почему мой геном так себя плохо чувствует после вчерашнего.

[abys.livejournal.com]

странно, что это преподносится как новость. Про регулирующие функции джанка и интронов вроде бы уже не раз писали.
Правда как установленный факт я это пока не воспринимаю, учитывая слишком уж мягкие критерии доказанности, принятые в биологии.

[panchul.livejournal.com]

Да уже лет 20 не все так просто. Например хокс-гены (включение и выключение тех или иных генов регулирующими протеинами в процессе строительства формы тела во время эмбрионального развития).

А насчет РНК есть теория - "RNA World", что до белка и ДНК на земле была безбелковая жизнь, построенная на рибозимах (не путать с рибосомами). Рибозимы - это энзимы (рабочие протеины-катализаторы), сделанные из РНК, а не из белка. Т.е. РНК и хранила генетическую информацию и работала, как сейчас белки. Некто даже синтезировал рибозим (последовательность РНК), которая умеет копировать РНК.

Вот про "мир РНК" - http://en.wikipedia.org/wiki/RNA_World